1)Quando "Edgar" va all' obitorio ha un fucile. Si siede a lato di una finestra. Suona il campanello e si può vedere che il fucile è sparito. Poi, però punta la Pistola alla ragazza. Pistola ? Ed il fucile ?
2)Alla fine, K fa scoppiare "da dentro" l'alieno. Lui è tutto sporco di intestini ed interiora dell' alieno, visto che era stato mangiato... Ma nella scena dopo sia lui che J sono perfettamente puliti. Solo la Fiorentino è ancora sporca: zozzona!
3)Quando i due MIB vanno a trovare la signora il cui marito è stato ucciso dalla piattola, l'albero bruciato all'inizio del film ora è intatto..
4)Quando gli agenti J e K incontrano la prima volta la dottoressa Weaver (Fiorentino) all' obitorio, usano il neuralizzatore per farle perdere la memoria. Ma alla seconda volta, l' agente Jay (Will Smith) non fa a tempo a mettersi gli occhiali da sole!
5)Il patologo quando analizza per la prima volta il corpo dell'alieno non ha nessuna protezione: cuffia, guanti e mascherina. E lo sanno tutti oramai: chi esamina gli alieni deve stare attento..
6)All'inizio del film, quando K "sparaflescia" quelli dell'immigrazione nel deserto, si vede benissimo il che il neutralizzatore ha tre bottoni, su cui c'è chiaramente scritto: minuti, ore, settimane. Ma alla fine del film, K si rivolge a J e dice che quei bottoni indicano giorni, mesi, anni.
7)Quando i due protagonisti sono al quartier generale, il loro capo gli affida la missione di andare a recuperare l'alieno "Reggie" che si stava allontanando da Manhattan (si vede dalla cartina sul computer che è anche abbastanza lontano). Quando i due raggiungono finalmente l'alieno si nota che questi stava guidando verso Manhattan e non nel senso opposto (sullo sfondo si vedono le torri gemelle).